W 2017 roku została poddana konserwacji osiemnastowieczna Loża Cechu Żeglarzy z 1724 roku. Drewniana, bogato rzeźbiona i polichromowana stalla pierwotnie usytuowana była w południowej nawie kościoła pod emporą, jako druga od skrzyżowania nawy głównej z transeptem, w kierunku zachodnim.
Dzięki ewakuacji obiekt przetrwał wojnę się w dobrym stanie, ale 70 lat przeleżał w magazynach. Szczęśliwie przetrwał również kartusz z łodzią bordynką (najlepsze znane przedstawienie tego rodzaju łodzi) usytuowany dawniej nad drzwiami wejściowymi kaplicy oraz prawie wszystkie sterczynki w formie wazonów. Odnaleziono także drzwi wejściowe oraz dziewięć konsolek z główkami anielskimi. Nie zachowały się natomiast dwa wielkoformatowe obrazy wypełniające tylną ścianę loży – „Cudowny połów ryb” z 1686 roku oraz „Arka Noego” z 1724 roku.
Rozproszone elementy loży zostały przeniesione ze składnic konserwatorskich w Oliwie i Bazylice Mariackiej i kościele św. Trójcy, scalone i poddane konserwacji. Brakujące elementy dekoracyjne nie zostały zrekonstruowane. Obecnie obiekt jest tymczasowo eksponowany we wschodniej części kościoła, w przestrzeni za ołtarzem.
Drzwi loży, zdjęcie archiwalne ze zbiorów NCK. 
Drzwi do loży odnalezione w 2008 r. w kościele św. Trójcy. fot. Iwona Berent 
Drzwi do loży, po konserwacji z 2017 r. fot. Iwona Berent 
Loża w trakcie montażu. fot. Iwona Berent. 
Loża Żeglarzy, zdjęcie archiwalne ze zbiorów NCK. 
Loża żeglarzy w pracowni konserwatorskiej. fot. Iwona Berent. 
Stan po konserwacji w 2017 r. fot. Iwona Berent. 
Kartusz z Loży Cechu Żeglarzy, zdjęcie archiwalne ze zbiorów NCK.. 
Kartusz z Loży Cechu Żeglarzy eksponowany w Muzeum Morskim. fot. Iwona Berent 
Kartusz z Loży Cechu Żeglarzy, stan po konserwacji w 2017 r. fot. Iwona Berent 
Element dekoracyjny w trakcie konserwacji. fot. Iwona Berent. 
Magazyn, elementy dekoracyjne przed konserwacją. fot. Iwona Berent.